A perlita é usada como substrato para plantas por devido a sua alta capacidade de aeração do solo. Cada partícula da perlita é composta por pequenas células de ar que não absorve água, mas que a retém em seu exterior. Quando observada de perto a superficie da perlita é formada de pequenas cavidades onde a água fica retida e disponível para as raízes das plantas.

A perlita é usada em misturas de solo porque é capaz de modificar a estrutura do solo, melhorando a sua aeração, mantendo o solto e prevenindo de uma compactação. Um solo composto de terra vegetal, turfa, e perlita é excelente para o cultivo em vasos, já que ele retem a quantidade ideal de água e oxigênio.

A perlita também é um meio de cultura excelente para mudas. Raízes que se formam na perlita são muito mais fortes que as formadas na agua, já que a perlita permite que o oxigênio chegue nas raízes enquanto elas se desenvolvem. Além disso a perlita permite uma adaptação mais rápida das raízes ao ambiente do solo.